يتكون الهيكل التنظيمي لمركز دعم المرأة من مدير و رؤساء أقسام، وعدد كافِ من الأخصائيين الاجتماعيين والنفسيين والقانونيين من ذوي الخبرة في مجال المرأة وقضايا الأسرة.
يتبع مركز دعم المرأة بالأمانة العامة للمجلس الأعلى للمرأة، الإدارة العامة للسياسات والتطوير، ويختص بتقديم الاستشارات والخدمات التالية:
- تلقي الطلبات الخاصة بشؤون المرأة وقضاياها الملحة، ودراستها وتحليلها، واقتراح سبل معالجتها.
- تقديم الاستشارات الأسرية في الجوانب الاجتماعية والنفسية والقانونية والاقتصادية للحالات التي تحتاج الدعم والمساندة بالتعاون مع الخبراء والمختصين.
- توفير المساعدة القضائية في المنازعات الأسرية، والمنازعات ذات الطبيعة المدنية الناتجة أو المتفرعة عن المنازعات الأسرية وذلك للمرأة البحرينية المعوزة أو الحاضنة لأبناء بحرينيين أو ذات الدخل المحدود.
- التنسيق مع الجهات المعنية لمتابعة الطلبات الواردة، وذلك وفقاً للإجراءات المتبعة بالمجلس الأعلى للمرأة.
- رصد ودراسة شكاوى التمييـز الوظيفي القائم على الجنس في العمل، وتقديم الاستشارة القانونية بشأنها ومتابعتها مع قسم الشئون القانونية ومركز التوازن بين الجنسين والمركز الإعلامي.
- تقديم المقترحات بشأن ما يمكن تعديله أو استحداثه من قرارات، أو أنظمة بناء على رصد الطلبات والإشكاليات التي تواجه الحالات الواردة إلى المركز.
- المشاركة في تنفيذ واقتراح الدراسات والأبحاث المتعلقة بالمرأة في المجال الأسري بالتنسيق مع مركز معلومات المرأة.
- تغذية قواعد بيانات المجلس الأعلى للمرأة بكافة أنواع الطلبات الواردة إلى المركز.
- نشر التوعية الأسرية في كيفية التعامل وإدارة المشاكل الأسرية، وتبني أفكار صحيحة في مجال حقوق وواجبات الزوجين من خلال المحاضرات والدورات التدريبية والرسائل التوعوية والكتيبات الإرشادية.

قسم الاتصال
يختص باستقبال جميع الطلبات الواردة إلى مركز دعم المرأة والتواصل المباشر مع الجمهور من خلال وسائل استقبال الطلبات، وإحالة الطلبات إلى الأقسام المعنية بالمركز كل حسب اختصاصه.

قسم المتابعة والإرشاد الخدمي
يختص باستقبال طلبات المرأة البحرينية لمتابعة وتسهيل استفادتها من الخدمات الحكومية الممنوحة لها، ودراسة وتقديم التوصيات والمقترحات بشأن أي معوقات تحول دون حصولها على هذه الخدمات.

قسم الاستشارات الأسرية
يختص بالمساهمة في علاج المشاكل الأسرية، والمظاهر السلبية التي تواجه أفراد الأسرة لتحقيق الاستقرار الأسري، والحد من حالات الطلاق عن طريق التوفيق وإصلاح ذات البين.

قسم الاستشارات القانونية
يختص بتقديم الاستشارة القانونية، وتوفير خدمة المساعدة القضائية في المنازعات الأسرية والمنازعات ذات الطبيعة المدنية الناتجة أو المتفرعة عن المنازعات الأسرية، واستقبال الشكاوى المهنية وتقديم النصح والتوجيه اللازم بشأنها، ومتابعة طلبات الجنسية لأبناء المرأة البحرينية، بالإضافة إلى طلبات الإقامة والكفالة للأبناء.